Как оказалось, в SWT 3.5 была ошибка, из-за которой он не реагировал должным образом на Info.plist, который требуется OSX, чтобы скрыть приложение. Эта ошибка исправлена в SWT 3.6, и с выпуском Eclipse Helios сегодня, я считаю, что SWT теперь официально на версии 3.6
Чтобы получить скрытый значок, в верхней части файла info.plist вам просто нужно добавить следующую строку:
<key>LSUIElement</key>
<true/>