Да, будет выводиться закодированная в base64 строка UTF-16 с прямым порядком байтов вашей исходной строки. Имейте в виду, что, AFAIK, на самом деле не принято использовать UTF-16 в base64, обычно используется ASCII или UTF-8. Однако здесь важно то, что отправитель и получатель договариваются о том, какую кодировку следует использовать.
Я не понимаю, почему вы преобразуете строку base64 в массив байтов: base64 используется, чтобы избежать несовместимости кодирования при передаче, поэтому вы должны сохранить ее как строку и вывести ее в формате, требуемом протоколом, который вы используете передать данные. И, как сказал Марк, использование UTF-16 для этой цели однозначно излишне, поскольку base64 содержит только 64 символа, все до 128.