Если вы написали Spring правильно, у вас должны быть интерфейсы DAO / репозитория. Если это так, все, что вам нужно сделать, это написать новую реализацию этого интерфейса, используя Hibernate, протестировать ее и изменить конфигурацию Spring, чтобы внедрить ее.
ORM предполагает наличие объектной модели для сопоставления с реляционной схемой. Если вы этого не сделаете, я бы посоветовал не использовать ORM. В этом случае лучше использовать iBatis или JDBC.