Вам не нужно добавлять эти файлы в один и тот же каталог, чтобы заставить его работать.
Я получил этот симптом, когда создал новую папку Package and Source Folder для проведения тестов junit. Тесты не пройдут, потому что getResourceAsStream возвращал ноль.
Вот как это исправить:
Щелкните правой кнопкой мыши класс (в моем случае, новый тестовый класс junit) в Eclipse Project Explorer View
Путь сборки -> Настроить путь сборки -> Путь сборки Java -> Вкладка «Источник» -> Добавить папку
Выберите папку, в которой хранятся ваши файлы.