Вы получаете 5 записей, но вы не установили заказ. Они не вернутся в определенном порядке, если вы не скажете им тоже. В вашем случае я считаю, что вы хотите их в порядке их идентификатора. Добавить что-то вроде:
order by `t1`.`dSyllabus_id` ASC
Ваш запрос выглядит так:
select t1.dSyllabus_id,t1.dBatch,t1.dFilePathName,
t2.dDegreeName,t3.dDepartmentAbbr
from tbl_syllabus as t1
join tbl_degree_master as t2,
tbl_department_master as t3
where t2.dDegree_id=t1.dDegree_id
and t3.dDepartment_id=t1.dDepartment_id
and t1.dCollege_id='1'
and t1.dIsDelete='0'
order by `t1`.`dSyllabus_id` ASC
limit 0,5