Краткий ответ: Это зависит.
Существует довольно хорошая серия статей о взаимодействии Java / .NET.
Длинный ответ. Чтобы получить доступ к функциям библиотеки времени выполнения .NET, вам нужно обернуть их в свой собственный код, чтобы представить их как com-объекты, которые затем можно использовать с jni.