На форумах Code Igniter есть тема, в которой об этом говорится.
http://codeigniter.com/forums/viewthread/165227/#846845
Похоже, вы настроили свою пользовательскую БД в качестве своей основной базы данных в файле конфигурации, а затем сгенерировали массив конфигурации для нового соединения для пользователя на основе информации в этой пользовательской БД. Итак, я думаю, вам нужно как минимум сохранить имя БД в базе данных пользователей.
Не уверен, насколько хорошо это работает, потому что у меня еще не было возможности попробовать это.
Извините, если это не совсем то, что вы искали, но это должно дать вам представление о подходе Code Igniter.