Вы не опубликовали информацию о том, когда впервые вызывается shadowbox.
Если мои предположения верны, вы запускаете shadowbox в обработчике события onload.
Попробуйте позвонить, когда DOM будет готов.
JQuery:
$(document).ready(function(){
//call it here
});
[EDIT]
В ответ на Ваш комментарий.
Если это не поможет, есть только одно решение.
Добавьте это сразу после загрузки сценария jquery в заголовок
<script>
$('<div></div>')
.css({width:'100%',height:'100%',
'position':'fixed','top':'0px',left:'0px',
'z-index':'10000'})
.addClass('cover');
.prependTo('body');
</script>
Выше должна быть одна строка, но затем она обрезается CSS стека overflow;)
и затем $ ('. Cover'). Remove (); когда вы уверены, что все загружено.
Я делаю это, когда запускаю сумасшедший код при загрузке страницы;)