Создал ли Xcode другие специфичные для iPad файлы пера для вас? Если вы добавляете свои представления в mainWindow при запуске приложения, это будут те, которые требуют модификации.
Если вы добавляете изображения программно, вы можете использовать разные ресурсы для каждой цели. Когда вы перетаскиваете ресурс в свой проект XCode (скажем, background.png), вы можете выбрать, к какой цели применить ресурс. Поэтому, если у вас есть папка iPadResources, вы можете поместить в нее свой файл background.png и добавить его только в версию для iPad. (Не забудьте GetInfo на старом ресурсе, перейдите к Targets и снимите отметку с цели iPad).
Надеюсь, это поможет