Мне пришлось создать новое правило стиля в загруженных таблицах стилей. Кажется, отлично работает в бета-версии Chrome 5.0.342.9 (по крайней мере)
var lastSheet = document.styleSheets[document.styleSheets.length - 1];
lastSheet.insertRule("@-webkit-keyframes " + newName + " { from { top: 0px; } to {top: " + newHeight + "px;} }", lastSheet.cssRules.length);
, а затем присвойте имя анимации, используя element.style
element.style.webkitAnimationName = newName;