Вы бы не использовали объект службы .NET как таковой, скорее, вы бы представляли службу через конечную точку, к которой может обращаться приложение Flex, что-то вроде службы RESTful или где-то конечную точку WS.
Затем, используя любые инструменты, которые предоставляет Flex, вы создадите прокси для предоставляемой вами службы и будете выполнять вызовы таким образом.
Все это работает, потому что обе стороны придерживаются стандартов или лучших практик, изложенных в используемых вами протоколах (службы RESTful, WS, которые, в свою очередь, основаны на таких вещах, как HTTP, JSON и т. Д. И т. Д.).