Хотя это правда, что .htaccess анализируется при каждом запросе и, таким образом, технически медленнее, чем помещение ваших правил в основной файл конфигурации, в действительности это не имеет значения. Механизм настройки Apache представляет собой довольно оптимизированный C-код, встроенный в веб-сервер. Если только вы не обслуживаете только небольшие статические файлы без доступа к базе данных, дополнительные издержки .htaccess и перенаправлений незначительны.
Современные процессоры настолько быстры, что вам действительно придется потратить огромное количество трафика, чтобы беспокоиться об этом. Если вы делаете такой большой трафик, и поскольку все это статическое содержимое, купите себе второй сервер для распределения нагрузки.