Зависит от того, зачем вам ветка без комментариев. Если это только для того, чтобы периодически кому-то (или что-то) публиковать, то я бы выбрал подход «скрипт-крюк».
Я не могу понять, почему у вас есть кто-то, работающий над некомментированной версией, если комментарии доступны. Поэтому удаление их в сценарии по требованию представляется предпочтительнее, чем поддержка ветки с удаленными комментариями (что, несомненно, вызовет головную боль при интеграции).