Патч App Engine - это не приложение App Engine, это библиотека для использования с вашим приложением.Если у него нет файла app.yaml, он не сможет быть запущен.
Похоже, что в файл .zip включено приложение aep-sample, попробуйте запустить его.
(ответ на редактирование)
Найденный вами файл app.yaml ссылается на aep-sample в качестве имени приложения, но приложение, указанное в панели запуска, говорит "patch", поэтому что-то там не так.
Читали ли вы страницу Getting Started на сайте проекта?Чтение документации, как правило, является полезным первым шагом.