Я бы импортировал плоские файлы в SQL Server и получал доступ через стандартные функции ADO.NET. Мало того, что доступ к БД всегда лучше (более надежный и мощный), чем файловый ввод-вывод, в том, что касается запросов и манипуляций с данными, но вы также можете воспользоваться возможностями кэширования SQL Server, тем более что эти данные не будут меняться часто.
Если вам необходимо периодически загружать обновленные плоские файлы, то обратите внимание на разработку службы, которая автоматически запрашивает эти файлы и импортирует их в SQL Server.
РЕДАКТИРОВАТЬ: я имею в виду SQL Server, но не стесняйтесь использовать любую СУБД.