Стоит отметить, что пока вы можете ссылаться на столбцы по имени для создания новых объектов и столбцов, ala
xts.object$V1plusV2 <- xts.object[, "V1"] + xts.object[, V2"] ,
Вы не можете изменить порядок столбцов по имени. Следующее запрещено
xts.reordered <- xts.object[, c("V3, V2, V1")] .
Вместо этого, как указал Шейн, вам нужно будет ссылаться на столбцы по номеру.