Попробуйте сохранить каталог virtualenvs там, где у вас гарантированно не будет ошибок прав доступа (и, возможно, даже попытаться использовать абсолютный путь). Кроме того, вы уверены, что создали каталог 'projects' вручную?
Для справки, мой файл bashrc выглядит примерно так:
export WORKON_HOME=/srv/.virtualenvs/
export PIP_VIRTUALENV_BASE = WORKON_HOME
source /usr/local/bin/virtualenvwrapper.sh
И моя директория .virtualenvs находится в chmodded 755.