Используя подсказку dplass , я нашел это решение, которое отлично работает. Я помещаю это здесь для других людей, которые могут столкнуться с этой проблемой:
import org.eclipse.core.resources.IProject;
@SuppressWarnings("restriction")
public class SaveOpenFilesHandler extends org.eclipse.debug.internal.ui.launchConfigurations.SaveScopeResourcesHandler
{
public void showSaveDialog(IProject project)
{
super.showSaveDialog(new IProject[] {project}, true, true);
super.doSave();
}
}