Сначала я попытался бы создать новое рабочее пространство и посмотреть, присутствуют ли отсутствующие элементы. Если другое рабочее пространство работает правильно, ваше исходное рабочее пространство повреждено.
Вы можете импортировать все проекты в новое рабочее пространство и попытаться использовать его (хотя при этом вы можете потерять глобальные настройки, которые хранятся в вашем старом рабочем пространстве, но по крайней мере все ваши проекты и специфичные для проекта настройки не повреждены ).
С другой стороны, если новое рабочее пространство также не работает, вы можете попробовать запустить eclipse с параметром -clean или удалить и переустановить его.