Вы хотите заменить каждый tbody
на своих детей? Тогда это все, что вам нужно сказать:
require 'nokogiri'
html = Nokogiri::HTML.fragment(DATA.read)
html.css('tbody').each{ |tbody| tbody.replace tbody.children }
puts html
__END__
<table><tbody>
<tr><td>Data</td></tr>
<tr><td>Data2</td></tr>
</tbody><tbody>
<tr><td>Data3</td></tr>
</tbody></table>
Производство:
<table>
<tr><td>Data</td></tr>
<tr><td>Data2</td></tr>
<tr><td>Data3</td></tr>
</table>