Самый простой способ - не использовать свой сайт полностью в флекс. В противном случае вы можете использовать свой Flex AP с помощью API AdSense http://code.google.com/apis/adsense/featuresbenefits.html и совершать SOAP-вызовы.
Другие рекламные серверы, такие как OpenX, также могут обрабатываться (через их API) в flex. Я не знаю, какие из них поддерживают такие классные вещи, как AMF, но OpenX с открытым исходным кодом и в PHP, поэтому вы можете использовать поддержку AMF Zend Frameworks для добавления такого рода функциональности.