Ну, у нас здесь что-то похожее. Мы генерируем .cs из XML-файла, используя .tt. Оба файла являются частью определенного csproj. Переходя свойства-> BuildEvents на csproj, выдает этот небольшой фрагмент в командной строке события Pre-build:
del "$(ProjectDir)MyCsFile.cs"
copy /b /y "$(ProjectDir)\MyXmlFile.xml" "$(TargetDir)"
"$(ProjectDir)tt.bat" "$(ProjectDir)MyTemplateFile.tt"
Понятия не имею, пригодится ли вам что-нибудь, надеюсь, этого будет достаточно в качестве последнего обходного пути.