Я бы всегда шел с документацией с сайта плагина, а не со стороны.Сторонняя документация может не обновляться, тогда как веб-сайт плагина действительно должен быть.
Я не сталкивался с проблемой, когда jstree выдает ошибку «Это не функция».Если вызов jstree завершится неудачно, ваша разметка не будет стилизована как дерево, что объясняет, почему базовое дерево не создается.
Что касается причины возникновения ошибки, первое, что я хотел бы проверить, это то, что все необходимые библиотеки JavaScript указаны в правильном порядке.Например, что-то вроде следующего должно быть в теге вашей страницы (при необходимости измените пути):
<script type="text/javascript" src="js/_lib/jquery.js"></script>
<script type="text/javascript" src="js/jquery.jstree.js"></script>