Windows использует разные символы перевода строки: когда вы редактируете файл в среде Windows, вы используете эти настройки, а когда Git смотрит на него, он не распознает перевод строки. Вы можете попробовать использовать vi, чтобы установить формат файла в unix, который преобразует все символы перевода строки в стиль unix: set ff = unix
Надеюсь, это поможет