Если вы не против переключения на новый репозиторий, лучше всего использовать расширение для преобразования.
Вы можете передать карту файлов, исключающую любые файлы, которые вы хотите исключить, исоздаст новый репозиторий для вас, без каких-либо ссылок на ваши файлы.Конечно, это означает необходимость клонировать новую рабочую копию.
Это означает каждую рабочую копию для хранилища, поэтому, если вокруг много рабочих копий, подготовьтесьделать много работы.