Если я понимаю вашу проблему, то единственное решение состоит в том, чтобы разбить модель на части, отсортировать детали по расстоянию от камеры и вывести их обратно вперед.
Как только вы нарисовали примитив, он рисуется - использование буфера глубины может отклонять пиксели, если они находятся дальше, чем ранее нарисованный примитив в этой позиции, но это не помогает для прозрачных примитивов.