git add kernelmode/linux-2.6.33/Documentation/IO-mapping.txt
Это должно добавить тот файл, который вы показываете как необходимый для постановки.
Тем не менее, некоторые эксперименты с двумя уровнями подкаталога (вместо трех, как в вопросе) показывают, что git add .
должен добавлять все, что нужно добавить - а для вас это не так.