Если вы хотите сделать это в коде, используйте свойство System.Web.HttpCookie.HttpOnly .
Это прямо из документов MSDN:
// Create a new HttpCookie.
HttpCookie myHttpCookie = new HttpCookie("LastVisit", DateTime.Now.ToString());
// By default, the HttpOnly property is set to false
// unless specified otherwise in configuration.
myHttpCookie.Name = "MyHttpCookie";
Response.AppendCookie(myHttpCookie);
// Show the name of the cookie.
Response.Write(myHttpCookie.Name);
// Create an HttpOnly cookie.
HttpCookie myHttpOnlyCookie = new HttpCookie("LastVisit", DateTime.Now.ToString());
// Setting the HttpOnly value to true, makes
// this cookie accessible only to ASP.NET.
myHttpOnlyCookie.HttpOnly = true;
myHttpOnlyCookie.Name = "MyHttpOnlyCookie";
Response.AppendCookie(myHttpOnlyCookie);
// Show the name of the HttpOnly cookie.
Response.Write(myHttpOnlyCookie.Name);
Выполнение этого в коде позволяет вам выборочно выбирать, какие куки являются HttpOnly, а какие нет.