Проблемы с параллелизмом возникают только при доступе к ресурсу из более чем одного потока. Если ваши операции не разделяют некоторые ресурсы, у вас все будет хорошо, даже если запущено более одного NSOperationQueue (в любом случае NSOperationQueue внутренне выполняет более одного потока).
Если вы совместно используете одну NSOperationQueue в нескольких потоках, вам, вероятно, следует синхронизировать вызовы к ней (используя @synchronized (...)).