Вы можете использовать ClassLoader для чтения файлов, которые есть у вас в classpath вашего фляги. Например, если у вас есть класс Test, и вы хотите прочитать файл, который находится в том же каталоге, что и ваши пакеты, вы можете использовать следующее:
Test.class.getClassLoader().getResourceAsStream("test_file.txt")
Вы можете проанализировать этот входной поток, используя ваши стандартные считыватели:
new BufferedReader(new InputStreamReader( Test.class.getClassLoader().getResourceAsStream("test_file.txt") ))
Наконец, если ваш файл находится в одном из ваших пакетов (com.test), вы указываете путь следующим образом:
new BufferedReader(new InputStreamReader( Test.class.getClassLoader().getResourceAsStream("com/test/test_file.txt") ))