Нет, в общем, проект .Net 4.0 может ссылаться на любые dll, даже если они были скомпилированы для более старых версий .Net.
Глядя на ваш связанный вопрос: это могут быть библиотеки, которые вводят / модифицируютНа IL влияют проблемы управления версиями, потому что инъекции не находятся под контролем системы времени выполнения .Net.