Интуитивно я бы сказал, что первый вариант будет более эффективным.
В этом сценарии при поиске по любому из индексов, скажем, по index1, система просто ищет идентификатор машины, на которой она размещена, и выполняет поиск по ней, возвращая набор результатов.
Во втором сценарии для каждого индекса, который нужно искать, машина должна будет распределить свой поиск по трем машинам, сохраняя в памяти разные идентификаторы машин и где найти каждый чанк, а затем, наконец, сопоставить набор результатов, прежде чем дать вам результаты.