Наличие тысяч маркеров, выходящих из вашей программы, не звучит так, как будто это будет очень дружелюбно для любого пользователя со старой машиной.
MarkerCluster фактически не уменьшает количество маркеров на карте. Он просто группирует их.
Я бы порекомендовал реализовать алгоритм кластеризации на бэкэнде, чтобы уменьшить количество маркеров, отображаемых на карте.