Вы можете попробовать VTD-XML .
Поскольку эта библиотека создает индекс, сохраняя содержимое файла как есть, ее API-интерфейс манипуляции позволит «исправлять» ваш файл, оставляя остальные нетронутыми.
Использование API VTD-XMLвы сможете перемещаться по своему XML как дерево DOM (даже используя XPath) и делать некоторые изменения (вставлять элементы, вставлять атрибуты и т. д.)