Ваш метод выглядит так, как будто он будет работать;Файловая структура чистого репозитория - это то, что находится внутри каталога .git.Но я не знаю, действительно ли какие-либо файлы были изменены, поэтому, если это не удастся, вы можете просто сделать
git clone --bare /path/to/repo
Возможно, вам придется сделать это в другом каталоге, чтобы избежать конфликта имен, а затем вы можете просто переместить его туда, куда вы хотите.И вам может понадобиться изменить файл конфигурации, чтобы он указывал на то место, где находится исходное хранилище.