MP3-файлы содержат полный заголовок MPEG1, среди прочего, например, длину потока. Вы просто не можете объединить их. WMP читает заголовок, определяет продолжительность воспроизведения и останавливается, когда первый файл готов. Остальные данные игнорируются, так как их там быть не должно.
Вам понадобится использовать некоторую библиотеку или утилиту, которая понимает файлы MPEG1 или MP3, для выполнения объединения.