Вы должны переместить папку файлов за пределы структуры проекта и, вероятно, использовать виртуальную папку в IIS для сохранения путей.Это должно не только предотвратить перекомпиляцию, но и упростить обновление кода и резервное копирование пользовательских файлов, поскольку они будут разделены.