Нет, ограничений нет. Фактически, Git обрабатывает большое количество тайников довольно изящно:
$ du -sh .git; \
> for i in {1..10000}; do echo $i > README; git stash -q; done; \
> git gc -q; du -sh .git; time git stash list | wc -l
8.5M .git
13M .git # space efficient
10000 # all there
real 0m0.212s # listing 10,000 entries
$ echo foo > README; time git stash -q; time git stash pop -q
real 0m0.159s # save still fast
real 0m0.146s # pop still fast
Я не проверял больше, но я бы предположил, что он все равно будет работать на 100 000 или миллион. Так что да, количество тайников действительно не ограничено.