Flex Builder не генерирует двоичные файлы?(AKA SWFs?) Или Flex Builder не генерирует файлы HTML, связанные с swfs?
Большинство проблем, с которыми я сталкивался при создании HTML, были связаны с тем, что каталог html-template был emtpy, а не сгенерированными файлами.
У вас автоматически включена сборка?Вы пытались очистить проект?Вы пытались изменить версию SDK [затем измените ее обратно].