Я бы сказал «без проблем», пока не прочитал:
Это приложение будет загружено и установлено сотрудниками каждого из наших клиентов
ЭтоПохоже на то, что вы создаете (набор) частных приложений, которые предназначены для того, чтобы предназначаться только для определенных пользователей - то есть сотрудников компании.
У Apple есть отдельное "предприятие"Программа разработки, направленная на это - позволяет разработчикам развертывать программы для своей собственной компании - и делать это за пределами App Store.
Если ваша программа очень специфична для компаний, Apple может заставить вас сделать это, а неразмещение приложений для общего пользования в магазине приложений.
Подробнее см. здесь:
http://developer.apple.com/programs/ios/enterprise/
Также:
Если ваше приложение действительно предназначено для более широкой аудитории, и вы можете фактически продать / распространить его таким образом - вы сможете"оформить" приложение динамически .Например, при первом запуске, когда вы «регистрируетесь» в каком-то «сервисе» - в зависимости от вашего адреса электронной почты он может загрузить соответствующую графику скинов.