Для простого приложения на C # добавление .exe или ярлыка приложения в стартовую папку - самый простой подход.
Чтобы добавить его чуть больше, вы можете добавить его вреестра, в разделе «Программное обеспечение \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \», а затем подраздел, который вам требуется.Для получения дополнительной информации о подходе к реестру прочитайте это - http://support.microsoft.com/kb/179365
Для более сложного подхода, который может / не может понадобиться в зависимости от вашего приложения, вы можете создать его как службу и настроить его на автоматический запуск.Для простого приложения это не нужно, поэтому я не буду подробно останавливаться на этом.