Вы можете использовать IsolatedStorage для хранения данных для вашего приложения.Я не думаю, что вы можете загружать и запускать приложения из изолированного хранилища.
Вы можете создать виртуальный диск и смонтировать его, используя инструменты , доступные в Windows 7 , а затем использовать разрешения Windows идругие хитрости ОС, чтобы сделать его доступным только для вас.Я не уверен в том, чтобы сделать его невидимым для всех пользователей, но он может быть недоступен для всех, кроме вас.
Если вы не используете Windows 7, я думаю, что есть другие способы достижения того же эффекта.