Если вы проверили свой проект, используя subclipse или встроенный клиент Subversion, тогда это должна быть локальная рабочая копия. Вы должны проверить это, как предложил kraftan.
Если вы как-то повредили локальную копию, вы всегда можете проверить версию заголовка в новой области проекта и снова скопировать локально обновленные файлы. Я бы посоветовал сделать резервную копию вашей рабочей зоны, прежде чем слишком много копаться.
Что произойдет, если вы запустите сравнение с последним из репозитория?