Здесь действительно недостаточно информации для решения проблемы, вам нужно выяснить, что происходит, используя какой-то механизм трассировки / профилирования.Это может быть проблема с памятью.Я не знаю, как вы на самом деле запускаете приложение, но может случиться так, что ему будет назначен поток с очень низким приоритетом по сравнению с потоком с более высоким (более высоким) приоритетом при запуске JUnit.Сам веб-сервис будет работать долго до того, как пройдет полчаса, не говоря уже о 1,5 часах, поэтому вы используете службу ASync или запускаете свой собственный поток и / или процесс из службы?Если это отдельный процесс, сколько памяти выделяется для этого?
После того, как вы собрали эту информацию, вы, вероятно, уже на пути к получению своего ответа.
YMMV