Если примерить vim 7.3
:help timestamp
Говорят, что
When Vim notices the timestamp of a file has changed, and the file is being
edited in a buffer but has not changed, Vim checks if the contents of the file
is equal. This is done by reading the file again (into a hidden buffer, which
is immediately deleted again) and comparing the text. If the text is equal,
you will get no warning.
Так что я предполагаю, что в вашем случае что-то изменилось, кроме метки времени файла (или есть ошибка в Vim).
В моем случае я часто получаю это сообщение при извлечении файлов: они изменяются с «только чтение» на «чтение с записью», даже если их содержимое не изменилось.
Так что я предполагаю, что если на свойства файла влияют, он считается «измененным», даже если его содержимое одинаково.