Что касается текущего обслуживания и поддержки, я думаю, что только вариант 1 имеет смысл для вас.
Индексируйте все столбцы, которые вам нужны, но не более того. Посмотрите на ваш код и посмотрите, как соединяются таблицы, и индексируйте столбцы, которые в противном случае потребуют сканирования таблицы.
Индексы ускорят операции чтения, но замедлят ваши операции записи, так как вам нужно обновить индикаторы, а также столбец. Им также нужно больше места в БД.
Как предложено выше, используйте EXPLAIN, чтобы увидеть, как выполняются ваши запросы и что там можно оптимизировать.
Наконец, настройка производительности работает хорошо только после того, как вы оценили существующую производительность, внесли изменения, а затем снова оценили производительность, чтобы посмотреть, поможет ли это. Если не откатится и попробуйте что-нибудь еще. Но всегда начинайте с известного уровня производительности, иначе вы можете сделать несколько изменений, которые в целом замедляют работу. Удачи!