Это на самом деле одна из самых больших проблем с Java, и здесь нет простых решений. По сути, если вам нужна легковесная программа, которая может запускаться много раз подряд, то вам не следует делать это на Java.
У меня нет опыта компиляции Java в нативный код, но я знаю, что почти никто не делает этого; для этого может быть веская причина.
Если вы опубликуете файл BAT или хотя бы опишите, что он делает, возможно, кто-то может предложить лучшее предложение.