Обучите классы любым инструментом покрытия кода, который вам нравится (например, cobertura, который записывает локальный файл cobertura.ser, который затем можно использовать для создания отчета на отдельном этапе).
Тогда вместо запуска подписанного или неподписанного (что не будет работать в любом случае) апплета непосредственно в браузере, используйте среду AppletViewer. Средство просмотра запускает апплет в привилегированной среде, без изолированной программной среды подключаемых модулей Java, и поэтому инструмент покрытия кода может выполнять свою работу и писать файл отчета.
Многие из инструментов покрытия кода используют переплетение байт-кода и записывают свои результаты только с помощью ловушки отключения - когда виртуальная машина выключается. Это, вероятно, не работает при использовании в браузере, так как это специальная виртуальная машина. Не уверен, но, возможно, плагин Java запускает отдельную виртуальную машину для апплетов, которая никогда не закрывается.