Если текущие (несокрушенные) коммиты не имеют никакого отношения к патчам, которые вы хотите получить, просто продолжайте делать по вашей схеме.
Лично я бы создал ветку "for-upstream" и cherry-pick некоторые коммитытам (и разделите или отредактируйте их, если это необходимо), но для этого нужны аналогичные ресурсы, как при использовании вашего способа.