вы получаете путь к данным приложения, используя следующий метод?
System.Environment.GetFolderPath(System.Environment.SpecialFolder.ApplicationData);
Обычно этот каталог доступен для записи локальному пользователю, но это не относится к веб-приложениям которые запускаются непривилегированными.
Чтобы ответить на ваш комментарий выше, вы можете программно запрашивать права администратора через UAC.Создайте app.manifest в своем решении и вставьте в него следующий код
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<asmv1:assembly manifestVersion="1.0" xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1" xmlns:asmv1="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1" xmlns:asmv2="urn:schemas-microsoft-com:asm.v2" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
<assemblyIdentity version="1.0.0.0" name="MyApplication.app"/>
<trustInfo xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v2">
<security>
<requestedPrivileges xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v3">
<requestedExecutionLevel level="highestAvailable" uiAccess="false" />
</requestedPrivileges>
</security>
</trustInfo>
</asmv1:assembly>
Надеюсь, что он вам помог.
[Edit] Рюэль только что добавил ссылку UAC, пока я былпишу.Мой ответ тогда дублирует;) Слава ему